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微生物需要在基因转录水平上对环境变化做出响应,这对于它们在能量利用、毒力调控、进化方向乃至于工业应用上都至关重要。葡萄糖是大肠杆菌的首选碳源。早期开展的诸多关于大肠杆菌在缺乏葡萄糖生长环境中的研究表明,细胞内信号分子cAMP的水平升高能够激活cAMP受体蛋白(cAMP receptor protein,CRP)与靶标DNA的结合,不仅能调节超过7%的全局基因转录水平,还能使细菌转而利用其他非葡萄糖...
细菌可以应对不同环境胁迫如营养贫瘠和重金属污染等。该文重点分析了大肠杆菌细胞在应对营养贫瘠、重金属污染、温度变化以及抗生素等逆境时,其基因组和转录组变化特点和与其环境适应之间的相互关系。发现基因组突变主要集中于与转录有关的RNA聚合酶(RNAP)和转录因子等基因;突变类型包括单核苷酸多态性(SNPs)、删除或插入突变、染色体重拍以及基因拷贝数变化等。基因组突变导致转录组的变化,而转录组变化特点与选...
中国科学技术大学生命科学与医学部周丛照教授课题组与中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所张余研究员课题组合作,利用冷冻电镜(cryo-EM)单颗粒重构技术,解析了鱼腥蓝细菌Anabaenasp. PCC 7120 转录激活复合物的三维结构,阐明了双转录因子以DNA looping的方式协同调控硝酸盐同化通路转录激活的分子机制,完善了细菌转录级联调控网络。该研究成果以“DNA loo...
2023年10月13日,中国科学院生物物理研究所朱平研究团队和青岛生物能源与过程研究所冯银刚研究团队合作在《自然-通讯》发表新研究,揭示了热纤梭菌σI因子进行启动子特异识别并调控纤维小体基因转录的分子机制。
2023年03月27日,上海市免疫学研究所陈磊研究员团队在Genome Research上发表了题为“Simultaneous profiling of host expression and microbial abundance by spatial meta-transcriptome sequencing”的研究论文。该研究首次开发了空间宏转录组测序及一体化的生物信息分析技术SMT(Spa...
2023年1月12日,中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室张余研究团队、美国威斯康辛大学麦迪逊分校Robert Landick团队与浙江大学冯钰团队合作,在《自然》(Nature)上,发表题为Structural basis for intrinsic transcription termination的研究论文。该研究捕获了细菌固有转录终止的中间状态冷冻电镜结构,揭示了细菌RN...
2023年1月12日,中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室张余研究团队和美国威斯康辛大学麦迪逊分校Robert Landick团队以及浙江大学冯钰团队合作在Nature上发表题为“Structural basis for intrinsic transcription termination”的研究论文,该研究捕获了细菌固有转录终止的中间状态冷冻电镜结构,揭示了细菌RNA聚合酶识...
2022年12月19日,中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所金帆课题组在国际学术期刊Microbiology Spectrum上发表了题为《AIDmut-Seq: A three-step method for detecting protein-DNA binding specificity》的研究成果。该研究发展了一种检测转录因子结合位点(transcription factor bi...
2022年11月25日,中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所金帆课题组在国际学术期刊mSystems上发表了题为《Genome-Wide Analysis of Gene Expression Noise Brought About by Transcriptional Regulation in Pseudomonas aeruginosa》的研究成果。团队利用成果所构建文库,在单细菌层...
铜绿假单胞菌是一种条件性致病菌,严重危害人类身体健康。最近在铜绿假单胞菌中报道一个新型的转录因子SutA(survival under transition A)。SutA对于维持细菌厌氧条件下的基因转录至关重要。SutA突变会造成各种缺陷的表型,如生物膜形成能力降低,致病毒力下降等。生化和遗传数据表明SutA调控细菌内大多数基因表达,尤其是核糖体合成相关的基因,但是其作用机制尚未得到解析。
近日,山东大学微生物技术国家重点实验室马翠卿、高超教授团队在Biosensors & Bioelectronics(IF 10.618)发表了题为“Ad,l-lactate biosensor based on allosteric transcription factor LldR and amplified luminescent proximity homogeneous assay”的研究...
近日,山东大学微生物技术国家重点实验室祁庆生团队侯进教授在Nucleic Acids Research发表“CRISPR-mediated protein-tagging signal amplification systems for efficient transcriptional activation and repression inSaccharomyces cerevisiae”,开...
2022年5月5日,中国科学院微生物研究所高福院士团队、中国农业科学院哈尔滨兽医研究所仇华吉研究员团队、北京大学汤富酬教授团队合作,在PNAS上在线发表了题为 Transcriptome Profiling in Swine Macrophages Infectedwith African Swine Fever Virus at Single-Cell Resolution 的研究论文。该研究首...
中国科学院微生物研究所东秀珠团队多年来致力于自然界中分布最广泛、种类最丰富的古菌类群——甲烷古菌的生理代谢及环境适应机制研究。该团队的李洁博士领导的研究小组经过10余年研究,发现模式甲烷古菌中组学水平的mRNA加工现象,改变了过去认为原核生物“mRNA不加工”的认知,揭示了古菌的核糖体蛋白合成和组装的转录后调控机制(Nucleic Acids Res,2017);发现mRNA加工对甲烷古菌的低温适...
该研究以现有已知抗源的高抗青枯病种质GDSY-1为抗源、以全国种植面积最大的烟草主栽品种K326为轮回亲本获得烟草近等基因系,以K326为对照,通过苗期接种青枯菌,研究2个不同抗性来源材料的转录组和生理指标差异,初步阐明了烟草受青枯菌侵染的生理和转录调控机制和不同抗源的抗性机理差异,为GDSY-1抗病基因挖掘、抗病育种利用及深入研究植物与病原菌相互作用的分子机制奠定了理论基础。

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