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中国科学院北京基因组所等开发基于深度学习模型的空间转录组精细分辨率细胞注释算法（图）
基因 模型 空间 细胞
2024/11/6
细胞在组织和器官内的空间位置与其功能相关。新兴的空间转录组技术能够在组织中原位捕获转录信息，为解析基因表达谱从而解码细胞空间分布、破译组织的空间结构、探讨复杂的生物学功能提供了条件。
2024年11月3日，中国科学院上海营养与健康研究所王跃祥团队、华大基因智惠医学研究院吴逵团队和上海交通大学附属仁济医院曹晖团队在Nature Communications在线发表了题为Genomic and Transcriptomic Landscape of Human Gastrointestinal Stromal Tumors的研究论文。该研究提供了胃肠间质瘤基因组和转录组全景图，提出...
中国科学院动物研究所赵方庆团队建立复杂转录组智能实时测序新技术（图）
赵方庆 智能 检测 分子
2024/10/23
真核生物的转录组由大量蛋白编码mRNA、非编码RNA和环形RNA等多种分子组成，具有高度的复杂性和多样性。因此，如何在庞大而复杂的转录组中高效、精准地检测目标转录本，成为当前生命科学及医学研究中的一个重要挑战。传统的靶向转录组检测方法需要在测序前通过探针捕获或实验富集，操作繁琐，且常常无法保留样本中的全部转录组信息，导致文库用途受限，难以用于大规模整合分析，极大制约了靶向转录组研究的应用场景。
2024年9月27日， Science期刊在线发表了题为“Cross-species single-cell spatial transcriptomic atlases of the cerebellar cortex ” 的研究论文，该研究成果由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）联合杭州华大生命科学研究院、上海脑科学与类脑研究中心、中国科学院遗传进...
科学家揭示细胞更新转录调控新机制
细胞 细胞报告 前列腺癌
2024/9/20
中国科学技术大学教授刘行、姚雪彪，研究员王志凯合作，发现了书签标识因子FOXA1在细胞有丝分裂期过程中DNA结合模式转变的磷酸化调控机制，以及FOXA1转录凝聚体的形成与功能发挥的分子基础。2024年9月13日，相关研究成果在线发表于《细胞报告》。
中国农业科学院深圳农业基因组所黄三文团队绘制豆科植物根瘤发育的时空转录图谱（图）
基因 黄三文 植物 发育
2024/8/6
合成氮肥作为保障全球粮食安全的基石，其生产量随着人口膨胀而持续增长。然而，这一进程伴随着高昂的能源消耗与不容忽视的环境问题。鉴于此，寻求绿色、高效的氮肥替代方案已成为推动农业可持续发展的紧迫任务。其中，改造利用豆科植物的共生结瘤固氮能力具有巨大的开发潜力。
中国科学院广州分院黏连蛋白复合体阻止跨结构域基因的共转录过程（图）
蛋白复合体 结构 基因
2024/7/26
基因组三维结构研究是当前基因调控领域的研究热点。在过去10年里，4D Nucleosome等研究项目的实施，虽然详细阐明了基因组三维结构的折叠机理及其分子调控机制，并且发现了基因组局部结构的变化可以影响相关基因的转录与表达，但对基因组三维结构的生物学功能却还不清楚。具体来说，基因组的三维结构对于基因转录是否存在一个普遍性的调控机制还不为人知。
中国科学院遗传发育所绘制冬小麦春化建立、维持和重置过程中的转录及染色质动态图谱（图）
遗传发育 过程 植物
2024/7/11
春化是指植物需要经历长时间的低温处理才能开花的现象，能够保证越冬植物在合适的光温条件下进行生殖生长，从而确保产量。小麦根据春化的需求分为需要经历春化才能开花的冬性小麦和不需要经历春化便能开花的春性小麦。研究小麦春化以及春化调控机制，对提高小麦品种的适应性具有重要意义。
春化是指植物需要经历长时间的低温处理才能开花的现象，能够保证越冬植物在合适的光温条件下进行生殖生长，从而确保产量。小麦根据春化的需求主要分为需要经历春化才能开花的冬性小麦和不需要经历春化就能开花的春性小麦。对小麦春化进行研究，了解春化调控的机制，对提高小麦品种的适应性具有广泛意义。
提高产量和改善品质是小麦育种工作的核心宗旨之一，这不仅是保障粮食稳定供给的基石，也积极回应了社会对于高质量农产品日益增长的需求。胚乳是小麦籽粒的主要养分储存器官，是面粉的主要来源。储藏蛋白和淀粉是胚乳的主要组分，二者的平衡直接影响着小麦的产量和品质。调控胚乳发育是提高作物产量、改善品质的重要策略。阐明小麦胚乳发育过程中的转录调控网络，挖掘影响小麦胚乳发育的关键调控因子，对解析小麦产量和品质形成的分...
微生物需要在基因转录水平上对环境变化做出响应，这对于它们在能量利用、毒力调控、进化方向乃至于工业应用上都至关重要。葡萄糖是大肠杆菌的首选碳源。早期开展的诸多关于大肠杆菌在缺乏葡萄糖生长环境中的研究表明，细胞内信号分子cAMP的水平升高能够激活cAMP受体蛋白（cAMP receptor protein，CRP）与靶标DNA的结合，不仅能调节超过7%的全局基因转录水平，还能使细菌转而利用其他非葡萄糖...
2024年6月24日，亚林中心在国际学术期刊《BMC Plant Biology》（中科院二区）发表了题为“Integrated transcriptome and metabolome analysis reveals the regulation of phlorizin synthesis in Lithocarpus polystachyus under nitrogen fertiliz...
2024年6月19日，中国科学院广州生物医药与健康研究院（以下简称“广州健康院”）、广州国家实验室等单位联合在在学术期刊Nature communications上发表题为“Cryo-EM structures of Thogoto virus polymerase reveal unique RNA transcription and replication mechanisms among o...
国家生物信息中心合作研究鉴定髓母细胞瘤转录因子和神经递质受体调控网络（图）
细胞 神经 网络
2024/6/19
髓母细胞瘤（medulloblastomas，MB）是儿童中最常见的恶性脑肿瘤，占所有儿童脑肿瘤的15％至25％。基于经典的甲基化测序可将MB划分为四个分子亚型：SHH、WNT、Group 3（三型）和Group 4（四型），其中SHH和WNT亚型患者生存期相对较长，而三型和四型预后不良。早期的癌症基因组学未能在MB中鉴定到高频突变，尤其对于三型和四型的驱动程序仍然不清楚。同时，由于存在血脑屏障、...
