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中国科学院西北高原生物研究所专利：青藏扁蓿豆EST-SSR遗传标记位点和相应标记引序列及其应用
中国科学院西北高原生物研究所 专利 青藏扁蓿豆 EST-SSR 遗传标记位点 标记引序列
2024/6/27
中国科学院西北高原生物研究所专利：青藏扁蓿豆EST-SSR遗传标记位点和相应标记引序列及其应用。
越橘属植物EST-SSR分子标记开发及遗传多样性分析
越橘 分子标记 EST-SSR 遗传多样性
2018/2/8
以84份越橘种质为材料, 从NCBI公共数据库下载22 402条越橘属(Vaccinium) EST序列, 通过CAP3组装软件将EST序列拼接成11 541条unigene序列, 其中2 076条unigene序列含有2 679个SSR位点。二核苷酸和三核苷酸重复是主要的SSR类型, 约占SSR总数的96.01%。利用Primer Premier 5.0软件设计81对引物, 其中55对引物在供试...
通过转录组测序技术鉴别普通油茶(Camellia oleifera) EST-SSR位点, 开发筛选适用于普通油茶种质资源评价与利用的多态性SSR标记, 对普通油茶的遗传变异研究和油茶良种的分子标记辅助育种具有重要意义。利用 MISA 工具从普通油茶转录组67 434条Unigenes (63.39 MB)中筛选得到26 751个包含1~6个核苷酸重复类型的SSR位点, SSR的分布频率为39.6...
目的筛选和鉴定广州管圆线虫未知基因序列，丰富该虫的基因序列数据，为寻找诊断或药物靶点分子提供实验依据。方法构建广州管圆线虫IV期幼虫cDNA噬菌体文库，随机挑选单个噬菌斑，提取噬菌体DNA进行PCR，扩增其插入的cDNA片段并对PCR产物进行序列测定；采用生物信息学方法对表达序列标签（expressed sequence tags，EST）序列进行分析。结果获得了51条广州管圆线虫基因的EST序列...
棉铃虫Helicoverpa armigera (Hübner)幼虫唾液中的各种酶类及各种生化组分在棉铃虫与植物相互作用及协同进化中起到重要作用； 唾液腺是棉铃虫唾液成分的合成器官。本研究通过构建棉铃虫幼虫唾液腺全长cDNA文库， 测序得到1 502条EST序列， 聚类分析后获得821个unigenes， 为筛选棉铃虫与寄主互作信号因子提供基因信息资源。使用Blast2 GO软件对821个unig...
西花蓟马Frankliniella occidentalis是一种世界性入侵昆虫， 近年来传入我国并不断扩散蔓延。基于简单重复序列（simple sequence repeats， SSRs）的西花蓟马种群遗传结构研究对于揭示其传播途径等具有重要的指导价值。本研究对来源于西花蓟马的13 839条EST序列进行了uni-EST组装、 EST-SSR信息分析以及标记筛选， 并比较了EST-SSR与Ge...
小桐子（Jatropha curcas）又名小油桐、麻疯树、膏桐等，属于大戟科麻疯树属的多年生木本油料植物。种子含油率一般可达40%，能够在干旱、贫瘠的荒山和坡地种植，不与粮争地，目前被认为是最有希望的能源植物之一。然而，由于目前小桐子缺乏优良品种和高产栽培技术，种子产量较低，生产成本较高，严重制约了小桐子的产业化发展。因此，利用基因工程技术，对小桐子进行分子改良，与传统育种技术相结合培育优良品种...
中肠是苏云金芽孢杆菌Bacillus thuringiensis (Bt)发挥作用的主要部位， 中肠上很多蛋白被认为是Bt毒素的结合蛋白。为了探索棉铃虫Helicoverpa armigera对Bt的抗性机制， 我们运用RNA转录过程中的5′末端转换机制(Switching Mechanism at 5′ end of the RNA Transcript, SMART）技术构建了棉铃虫中肠的cD...
昆虫EST资源库的扩充为开发新的分子标记提供了宝贵的资源。本研究对NCBI的EST数据库中来源于麦红吸浆虫Sitodiplosis mosellana唾腺的1 217条EST序列进行了unigene组装、 SSR信息分析和EST-SSR分子标记筛选。结果表明： 在1 047个unigenes中共找到141个SSR位点， 分布于106个（10.12%）unigenes中， 平均每3.49 kb出现一...
棉铃虫中肠cDNA文库的构建及EST分析
棉铃虫 中肠 cDNA文库 表达序列标签（EST） 序列分析
2010/11/8
中肠是苏云金芽孢杆菌Bacillus thuringiensis (Bt)发挥作用的主要部位， 中肠上很多蛋白被认为是Bt毒素的结合蛋白。为了探索棉铃虫Helicoverpa armigera对Bt的抗性机制， 我们运用RNA转录过程中的5′末端转换机制(Switching Mechanism at 5′ end of the RNA Transcript, SMART）技术构建了棉铃虫中肠的cD...
植物EST计划作为植物基因组计划的一个重要组成部分，本文概括介绍了几种主要EST标记(EST-SSR, EST-PCR, EST-SNP, EST-AFLP, EST-RFLP)在比较基因组学，系统发育学，基因功能研究等方面的应用情况，并对EST标记的应用前景作了展望。
天蓝苜蓿(Medicago lupulina)隶属于苜蓿属, 是一年生或越年生、广布的草本植物。通常认为它是自交种, 但也有些研究报道它具有异交或者混合交配的繁育系统。为了了解它的居群遗传变异、基因流、繁育方式及其遗传背景, 我们用9个EST-SSR标记分析了中国新疆、内蒙古、甘肃、北京、山西、陕西、湖北7个省区的17个天蓝苜蓿野生居群。结果表明: (1) EST-SSR的多态位点百分率(PPL)...
4龄中华鲟垂体的EST分析
cDNA 表达序列标签 中华鲟 垂体
2009/8/26
表达序列标签 (Expressed sequence tag, EST) 是鉴定基因表达规律和发现新基因的一种有效的分子生物学手段。为了能在中华鲟(Acipenser sinensis Gray) 中发现与生长和生殖内分泌调控相关的基因，我们构建了中华鲟垂体的SMART cDNA质粒文库。垂体是调节生长和生殖内分泌的重要器官。在本研究中，通过测序筛选得到了944个EST克隆，将所得EST 与 Ge...
以海洋腹毛类纤毛虫-肉色伪角毛虫为材料开展了cDNA文库的构建和部分基因表达序列标签（EST）的分析。其中，利用Smart技术构建cDNA文库，质量检测表明该文库容量为1×106 pfu/mL，重组率为91%，表明所建文库能够满足后续的EST文库构建及从文库中分离筛选重要基因等研究工作。从该库中随机抽取了237个克隆进行5′端测序，拼接后得到189条非冗余基因（UniGene），Blast X比对...