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微生物需要在基因转录水平上对环境变化做出响应,这对于它们在能量利用、毒力调控、进化方向乃至于工业应用上都至关重要。葡萄糖是大肠杆菌的首选碳源。早期开展的诸多关于大肠杆菌在缺乏葡萄糖生长环境中的研究表明,细胞内信号分子cAMP的水平升高能够激活cAMP受体蛋白(cAMP receptor protein,CRP)与靶标DNA的结合,不仅能调节超过7%的全局基因转录水平,还能使细菌转而利用其他非葡萄糖...
中国科大揭示双转录因子激活蓝藻硝酸盐同化通路的分子机制(图)
分子机制 解析 鱼腥蓝细菌
2024/1/7
中国科学技术大学生命科学与医学部周丛照教授课题组与中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所张余研究员课题组合作,利用冷冻电镜(cryo-EM)单颗粒重构技术,解析了鱼腥蓝细菌Anabaenasp. PCC 7120 转录激活复合物的三维结构,阐明了双转录因子以DNA looping的方式协同调控硝酸盐同化通路转录激活的分子机制,完善了细菌转录级联调控网络。该研究成果以“DNA loo...
中国科学院研究揭示细菌固有转录终止的结构基础(图)
细菌 结构基础 分子植物
2023/1/12
2023年1月12日,中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室张余研究团队、美国威斯康辛大学麦迪逊分校Robert Landick团队与浙江大学冯钰团队合作,在《自然》(Nature)上,发表题为Structural basis for intrinsic transcription termination的研究论文。该研究捕获了细菌固有转录终止的中间状态冷冻电镜结构,揭示了细菌RN...
中国科学院分子植物科学卓越创新中心张余研究组揭示细菌固有转录终止的结构基础(图)
张余 细菌 结构基础 聚合酶识别
2023/1/12
2023年1月12日,中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室张余研究团队和美国威斯康辛大学麦迪逊分校Robert Landick团队以及浙江大学冯钰团队合作在Nature上发表题为“Structural basis for intrinsic transcription termination”的研究论文,该研究捕获了细菌固有转录终止的中间状态冷冻电镜结构,揭示了细菌RNA聚合酶识...
中国科学院深圳先进技术研究院基因组层面测量铜绿假单胞菌的转录调控噪声(图)
基因 单胞菌种群
2022/11/25
2022年11月25日,中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所金帆课题组在国际学术期刊mSystems上发表了题为《Genome-Wide Analysis of Gene Expression Noise Brought About by Transcriptional Regulation in Pseudomonas aeruginosa》的研究成果。团队利用成果所构建文库,在单细菌层...
中国科学院分子植物科学卓越创新中心张余研究组解析了致病菌中新型转录调控的分子机制(图)
张余 解析 分子机制 细菌厌氧
2022/7/20
铜绿假单胞菌是一种条件性致病菌,严重危害人类身体健康。最近在铜绿假单胞菌中报道一个新型的转录因子SutA(survival under transition A)。SutA对于维持细菌厌氧条件下的基因转录至关重要。SutA突变会造成各种缺陷的表型,如生物膜形成能力降低,致病毒力下降等。生化和遗传数据表明SutA调控细菌内大多数基因表达,尤其是核糖体合成相关的基因,但是其作用机制尚未得到解析。
2020年9月28日,Nature Chemical Biology 在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室张余研究组题为“CueR activates transcription through a DNA distortion mechanism”的研究论文。该论文主要研究了细菌Class III转录因子CueR转录激活的分子机制。
2020年3月3日,国际学术期刊《美国国家科学院院刊》(PNAS)在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室张余研究组与美国Rutgers University的Richard Ebright研究组合作完成的题为RNA extension drives a stepwise displacement of an initiation-factor structural mod...
转录是RNA聚合酶根据基因的DNA序列合成信使RNA的过程,是基因表达的起始步骤。在细菌中,σ因子是RNA聚合酶识别基因启动子并起始转录的关键组分。近年来,在一些梭菌和杆菌中发现一类广泛存在的σ因子及其共转录的抗σ因子——SigI和RsgI,它们的一些结构域和已知蛋白没有同源性,代表了一类新的特殊的细菌σ/抗σ因子。热纤梭菌等一些产纤维小体细菌具有8-16对的SigI/RsgI因子,这在其他已知类...
为了研究副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)弱毒株11型H465株OmpP2刺激猪肺泡巨噬细胞(PAMs)炎性因子mRNA的转录和对NF-κB和MAPKs信号通路的影响,提取并纯化HPS血清11型H465株的OmpP2,分别用5、10 μg•mL-1 OmpP2刺激PAMs 6、12 h后收集细胞,提取总RNA和蛋白质。将提取的RNA反转录成cDNA,运用R...